DNS-szekvenálási mérések feldolgozása és értelmezése során sokféle eszköz használható, amelyeknek a beállítási paraméter tere rengeteg lehetőséget hordoz.
Az egyes eszközökben, illetve a paramétertérben keresünk olyan altereket, amelyek javíthatják az adatfeldolgozás pontosságát és robosztusságát